Kapituła warmińska wybierała co roku, wyjątkowo zaś rzadziej - na okres dłuższy, spośród swych członków tak zwanego administratora, który w jej imieniu zarządzał komornictwami olsztyńskimi i pieniężnieńskim. W obu komornictwach sprawował on zwierzchnie sądownictwo nad wszystkimi poddanymi kapituły oraz nadzór nad działalnością organów samorządu miejskiego i sołtysów. Pilnował on ściągania czynszów i danin, dbał by nie wysychały źródła tych dochodów, na przykład wówczas, gdy włóki we wsiach były opuszczone przez użytkowników. Kierował gospodarką w lasach i majątkach ziemskich kapituły. Odpowiadał za przygotowanie obu komornictw na wypadek wojny i kierował ich obroną. Był zwierzchnikiem wszystkich urzędników w obu komornictwach, jak burgrabiów zamkowych, skarbnika, pisarzy, nadzorców rybackich itd.

Mikołaj Kopernik

8 listopada 1516 roku kapituła powołała na stanowisko administratora Mikołaja Kopernika. Urząd ten sprawował do 9 listopada 1519 roku, a potem od 8 listopada 1520 do czerwca 1521 roku. W Olsztynie mieszkał jednakże cały czas od jesieni 1516 do jesieni 1521 roku z wyjątkiem trzech miesięcy zimy z 1519 na 1520 rok. Później bawił tu jeszcze w latach 1524, 1531, 1535 i 1538 jako wizytator.

Podczas kilkuletniego pobytu w Olsztynie Kopernik z całą energią wykonywał funkcje wynikające z jego urzędu oraz prowadził badania astronomiczne, dzięki którym jego nazwisko stało się - mówiąc słowami Engelsa - synonimem największego postępowego przewrotu, jaki ludzkość do owych czasów kiedykolwiek przeżyła. Po śmierci Kopernika przez dwieście lat namiętne spory budziła idea przewodnia jego dzieła, przez następnych dwieście lat - sprawa jego przynależności narodowej. Przedmiot drugiego sporu był właściwie bez sensu, ponieważ w czasach Kopernika poczucie więzi narodowej uświadamiano sobie bardzo słabo, a górowały nad nią dwie inne spójnie społeczne : uniwersalizm, to jest poczucie przynależności do świata chrześcijańskiego, czy też ściślej świata kultury łacińskiej, oraz partykularyzm, to jest poczucie solidarności tak zwanych indygenów, zatem ludzi żyjących w jednej dzielnicy ( państwie dzielnicowym ). We Francji ludzie z Burgundii i z Normandii, w Niemczech - z Saksonii i z Brandenburgii, we Włoszech z Toskanii czy z Sycylii byli sobie nawzajem obcy i wrodzy. W Polsce jeszcze za życia Kopernika Mazowsze prowadziło własną politykę, tradycyjnie prokrzyżacką i antylitewską. Wuj Kopernika, Łukasz Watzenrode, był biskupem warmińskim i prezesem stanów pruskich. Biskup Łukasz zwalczał Krzyżaków, należał do grona zaufanych doradców królów polskich, ale jednocześnie ostro przeciwstawiał się tendencjom centralistycznym dworu królewskiego, zmierzającym do ograniczenia autonomii Prus Królewskich. Należy przypuszczać, że Kopernik podzielał poglądy polityczne swego wuja.

Łukasz Watzenrode - wuj Mikołaja Kopernika

Nienawiść do Krzyżaków była w tej rodzinie tradycyjna. Ojciec astronoma, także Mikołaj, należał w Toruniu do przywódców Związku Pruskiego. Naturalnie Kopernikowie, zamożni mieszczanie, znali świetnie niemiecki, który dla patrycjatu miast polskich, aż do po XVIII wiek był tym, czym później francuski dla szlachty. Ale ród dobił się znaczenia niedawno. Wiek wcześniej przodkowie astronoma byli prostymi chłopami polskimi ze Śląska, ze wsi Koperniki.

Kopernik większą część swego życia spędził na Warmii. Jego pobyt w Olsztynie przypadł akurat na gorące miesiące ostatniej wojny polsko-krzyżackiej. Jej wybuch był spodziewany od dawna. Bandy najemnych żołdaków krzyżackich, których Zakon nie umiał czy nie chciał utrzymywać w karbach posłuszeństwa, raz po raz naruszały granicę Warmii. W roku 1518 Kopernik nie dopuścił do przemarszu wojsk krzyżackich przez ziemie komornictwa olsztyńskiego. Gdy wybuchła wojna, Kopernik zajął się ufortyfikowaniem miasta i umocnieniem zamku. Sprowadził broń i amunicję i obrócił nie zważając na protesty innych kanoników pieniądze kapituły na zaaprowidowanie miasta i przygotowanie obrony. Rozwijał także intensywną działalność dyplomatyczną. 4 stycznia 1520 roku posłował w imieniu biskupa do Albrechta do Braniewa. 29 kwietnia 1520 roku radził w imieniu kapituły biskupowi, by zwrócił się do głównodowodzącego wojsk polskich z prośbą o większą pomoc w ubezpieczeniu miast. Być może w wyniku tego apelu przybyło do Olsztyno kolejno stu zaciężnych polskich pod wodzą Pawła Doluskiego, potem stu zaciężnych czeskich, którymi dowodził Henryk Peryk z Janowic, wreszczie 700 konnych pod komendą Zbigniewa Słupeckiego. W czasie toruńskich pertraktacji rozejmowych pisał w imieniu biskupa, by nie polegał na pismach, pieczęciach, ani obietnicach wielkiego mistrza, lecz pilnował interesów warmińskich stosownie do szkód, jakie wyrządzili Krzyżacy 25 lipca 1521 roku na zjeździe stanów Prus Królewskich w Grudziądzu, Kopernik przedstawił skargę kapituły na mistrza Albrechta i jego Zakon z powodu krzywd wyrządzonych w roku 1521 podczas zawieszenia broni.

Po spaleniu, w styczniu 1520 roku Fromborka przez Krzyżaków , prawie wszyscy członkowie kapituły warmińskiej przenieśli się do Olsztyna. Gdy jednak działania wojenne zbliżyły się do miasta, tylko dwaj odważyli się tu pozostać: Kopernik i Snellenberg. Administrator nie obawiał się wroga, który bez zdrady niczemu nie podoła. Zdecydowanie i energia, jakie wykazał w przygotowaniu do obrony Olsztyna, zaważyły na tym, że Krzyżacy poprzestali na jednej nieudanej próbie szturmu.

Kraj, którym przypadło Kopernikowi zarządzać, był niesłychanie zniszczony przez wojny XV stulecia. Wielka wojna z Zakonem z lat 1409-1411 nie dotknęła wprawdzie tych okolic zbyt srogo, ale już w czasie wojny głodowej (1414) Olsztyn uległ całkowitemu spaleniu, a wraz z nim wszystkie wsie, dwory, folwarki i młyny komornictwa olsztyńskiego i dwa kościoły parafialne. Pozostałe kościoły zdewastowano. Straty materialne obliczono na astronomiczną sumę 90 625 grzywien. Zabito wówczas 535 mieszkańców komornictwa. W czasie wojny trzynastoletniej (1454-1466) Olsztyn spłonął dwa razy, a straty jakie poniosło komornictwo, były, jak się wydaje większe niż w czasie wojny głodowej. Także poważne zniszczenia powstały tu podczas wojny księżej (1478). Wprawdzie wtedy, gdy tylko milkł szczęk broni, natychmiast rozpoczęła się odbudowa, jednakże pokój z reguły trwał zbyt krótko, by można było zaleczyć całkiem rany wojenne. Po zakończeniu wojny księżej w roku 1479 połowa ziemi w komornictwie olsztyńskim leżała odłogiem, pozbawiona gospodarzy, którzy by ją wzięli pod pług. Również wielka była tu dewastacja budynków i urządzeń.

W ciągu czterdziestu lat pokoju - od roku 1479 do 1519 - kolejni administratorzy dokładali niemało wysiłków, by kraj ponownie zagospodarować. Od roku 1481 prowadzili oni zapisy o zasiedlaniu pustych włók ( mansorum desertorum locationes). Do roku 1500 było ich jeszcze około 24 %. Akcji nie udało się ukończyć przed wybuchem ostatniej wojny polsko-krzyżackiej. W roku 1519 wciąż 170 włók, to jest blisko 10 % ogólnego areału ziemi uprawnej w komornictwie olsztyńskim, nie miało użytkowników. Wojna znowu spowodowała wiele szkód materialnych, nie przerwała jednakże akcji osiedleńczej.

Ostanie zapisy w owych zeszytach, w których spisywano czynności związane z zasiedlaniem pustych włók w komornictwie olsztyńskim, wyszły spod ręki Kopernika. Zajęły tam piętnaście stron rękopisu. Wynika z niego, że od 10 grudnia 1516 roku do 31 maja 1521 Kopernik odwiedził, niekiedy parokrotnie, 32 wsie komornictwa: Bartąg, Brąswałd, Dywity, Gietrzwałd, Gryźliny, Gutkowo, Jaroty, Jonkowo, Kieźliny, Klebark Mały, Klebark Wielki, Likusy, Linowo, Ługwałd, Łupstych, Mątki, Myki, Naglady, Naterki, Pistki, Pluski, Porbady, Redykajny, Skajboty, Słupy, Spręcowo, Stare Kawkowo, Sząbruk, Tomaszkowo, Wołowno, Wójtowo i Zalbki. Jeździł ze swoim sługą Wojciechem Szebulskim, którego imię kojarzyło się astronomowi z imieniem św. Wojciecha, "ojca i apostoła ojczyzny", jeździł ze swym "chłopcem Hieronimem", który najpewniej też był Polakiem. We wsiach tych dokonywał 59 zapisów lokacyjnych. Jedynie w dwóch wypadkach tyczyły one włók, które od dziesięcioleci leżały odłogiem. W dwudziestu pięciu wypadkach gospodarstwa były świeżo opuszczone. Ich użytkownicy albo zmarli bez pozostawienia następców, albo zbiegli przerażeni warunkami pracy i życia na terenie zagrożonym wojną. W pozostałych wypadkach szło o zamianę gospodarstw, albo o częściowe lub całkowite zrzeczenie się ziemi przez tych użytkowników, którzy (np. z powodu podeszłego wieku) nie mogli podołać trudom gospodarzenia. Nowi gospodarze pochodzili wyłącznie z Polski. Dowodzą tego ich imiona zapisane w Mansorum desertorum locationes ręką Kopernika. Mniej wiadomo, ile Kopernik uczynił dla odbudowy i rozwoju miasta, którego był zwierzchnikiem. Kursowała legenda, że to właśnie on założył w Olsztynie urządzenia doprowadzające wodę do studni miejskich z Górnego Stawu przy drodze klebarskiej. Podobne legendy kursowały też o wodociągach z Fromborka i z Lubawy, w obu wypadkach jednak zostały w wieku XIX obalone w sposób bezsporny. Tym samym wersja o zbudowaniu przez Kopernika wodociągu w Olsztynie stała się również mało wiarygodna.

Tablica astronomiczna Kopernika na zamku w Olsztynie

Kopernik mieszkał w zamku olsztyńskim, w jego północno-wschodnim skrzydle, w jednej dużej komnacie, do której wejście prowadziło z komnaty urzędowej lub z krużganku. Z dwu jej okien rozciągał się widok na Łynę i młyn zamkowy, z trzeciego na zamkowy dziedziniec. Sklepiona pięknym, kryształowym sklepieniem komnata ta była stosunkowo niska (dopiero po czterech wiekach podwyższono ją poprzez obniżenie podłogi). Przenosząc się na dłuższy czas do Olsztyna, Kopernik zabrał ze sobą część swego instrumentarium z Fromborka. Umieścił je zapewne na szczycie wieży zamkowej. Spośród opisanych w De revolutionibus obserwacji ruchu planet, czterech dokonał w Olsztynie w latach 1518 i 1520. Także w Olsztynie została napisana głośna rozprawa o monecie, w której Kopernik sformułował, wprawdzie nie pierwszy, ale na długo przed ekonomistami angielskimi, którym się to odkrycie przypisuje, niektóre istotnie prawa rządzące obiegiem pieniądza. W rozprawie tej, przerobionej w roku 1519 na memoriał dla stanów Prus Królewskich, Kopernik żądał wspólnej monety dla Prus, z koroną dominującą, iżby o zwierzchności Królestwa Polskiego świadczyła. Legenda, jakoby Kopernik odprawiał msze w kaplicy zamkowej, nie ma żadnego poparcia w źródłach. Według zgodnych opinii kanonicy warmińscy z epoki Kopernika byli ludźmi nader świeckimi i światowymi. Poglądami i sposobem bycia przypominali oni włoskich renesansowych książąt Kościoła. Biskup warmiński Fabian z Łężan (1512-1523) pierwszą i ostatnią mszę w swym życiu odprawił przy swej konsekracji. Jego następca, Maurycy Ferber (1523-1537), uskarżał się, że tylko jeden z szesnastu kanoników warmińskich potrafi wypełniać obowiązki kościelne. Któż udowodni, że tym wyjątkiem był Kopernik, ale sam astronom, który parę lat później miał gościć u siebie przez wiele miesięcy Jerzego Joachima Retyka, kacerza, heretyka przybyłego wprost z luterańskiej Wittenbergi.

Idea przewodnia kopernikańskiego dzieła wywołała przewrót w pojęciach ludzkich. Samo jednakże dzieło nie było czytywane. Po pierwszym wydaniu z roku 1543 (Norymberga) następne ukazały się w latach 1566 (Bazylea), 1617 (Amsterdam) i 1854 (Warszawa, wraz z przekładem polskim), wszystkie bardzo niskich nakładach. Rękopis dzieła w wieku XVII znalazł w Pradze i tam leżał przez dwa stulecia zapomniany. Również z górą trzy i pół wieku minęło od śmierci Kopernika, gdy zakrzątnięto się nad zbieraniem pamiątek z jego wieloletniego pobytu w Olsztynie.