Pierwsza wzmianka o Wągnikach pojawiła się 8 września 1317 roku, kiedy to Friedrich von Wildenberg przekazał jaćwieskiemu osadnikowi imieniem Powile oraz jego potomkom trzy łany i dziesięć mórg ziemi „na polu Wangenik”. Nazwa miejscowości wywodzi się z języka pruskiego — od słowa wangus, oznaczającego dąbrowę, z dodanym przyrostkiem -enik.
Kolejnym źródłem jest księga czynszowa zakonu krzyżackiego z lat 1402–1408. W dokumencie tym wieś figuruje pod nazwą Wangeniken, a zamieszkiwało ją wówczas czternastu pruskich chłopów, posiadających łącznie dwadzieścia łanów ziemi. Byli to: Niculus, Roaynucke, Heinrich, Paul, Nucze Pusc, Hanneke Schulcze, Kusta, Attaw, Hans, Jacob, Goddel, Peter, Dywon i Tolne Lange. W 1427 roku pojawia się dodatkowo imię Fritcz, natomiast do 1448 liczba gospodarzy zmniejszyła się do dziewięciu.
Na początku istnienia Prus Książęcych, około roku 1531, Wągniki były niezamieszkane — sytuacja ta utrzymywała się co najmniej do roku 1543. W dokumentach z 1552 roku odnotowano przekazanie 10 łanów ziemi według prawa pruskiego. W 1577 wymienia się dwóch wolnych Prusów: Kiliahna, który posiadał cztery łany, oraz Michela Brabowskiego — właściciela sześciu. Do 1600 roku cały majątek znalazł się już w rękach Kiliahna. W 1652 dobra należały do Achatiusa Borcka, a w 1681 roku były własnością feldmarszałka brandenburskiego Georga von Derfflingera. W późniejszych latach przeszły na własność rodziny Barfussów z Kwitajn (Quittainen), a ostatnimi niemieckimi właścicielami byli Dönhoffowie, również pochodzący z tej samej miejscowości. Według danych z 1875 roku, Wągniki liczyły 80 mieszkańców. W okresie międzywojennym miejscowość razem z leśniczówką Bukowa (Hartwichs - miejscowość nieistniejąca) była częścią gminy Piergozy (Pergusen - miejscowość nieistniejąca), której ostatnim wójtem był Friedrich Spiegelberg. W ostatnich latach przed zakończeniem II wojny światowej majątkiem zarządzał Kurt Menzel Jr.
Nie wiadomo dokładnie, czy Wągniki były zamieszkane po 1945 roku, choć wiele wskazuje na to, że wieś przetrwała działania wojenne bez większych zniszczeń. W późniejszych latach spotyka się różne wersje polskiej nazwy miejscowości — w niektórych pracach lokalnych występuje jako „Winniki”, a na niektórych mapach z okresu PRL pojawia się jako „Wągnity”. Zabudowania dawnego majątku były jeszcze widoczne na zdjęciach lotniczych z lat 60., jednak do końca lat 80. wszystkie budynki zostały rozebrane.
W pobliskim lesie Truty (Trautenwald), który do 1945 roku wchodził częściowo w skład gminy Piergozy, znajduje się stary niemiecki cmentarz. Spoczywają tam między innymi dawni mieszkańcy Wągnik. Nekropolia obecnie jest w stanie zaniedbania i uległa poważnym zniszczeniom.
Od kilku lat na terenie dawnego majątku funkcjonuje pasieka.
Widok na wieś od strony wzniesienia Pir (Pirren Berg), nieoficjalnie znanym jako Wągnicka Góra
Pozostałości...
Droga na Pir
Droga w stronę lasu Truty
Schody